PhpStormにはクリップボードマネージャ機能があり、クリップボードの履歴からペーストしたりすることができます。しかし私は別のクリップボードマネージャアプリを使用しており、そのアプリから貼り付けたいのですが、機能がバッティングしてしまいうまく動作しません。
調べたところシステムのクリップボード領域とPhpStormのクリップボード領域を同期する設定をすることで正しく動作するようになりました。
idea.use.alt.clipboard.sync=trueを/Applications/PhpStorm.app/bin/idea.vmoptionsに追記するだけでOKです。
参考
Switching clipboard content with system clipboard manager does not work in rubymine (Ubuntu)