現状試しているのはローカルストレージドライバでのデータボリュームの場合ですが、コンテナでバインドして扱うのが常道な感じです。
データ・ボリュームのバックアップ・修復・移行
http://docs.docker.jp/engine/userguide/dockervolumes.html#id9
に書いてあるやり方ですね。
jenkins-masterというコンテナの /var/jenkins_home をバックアップ・リストアする例をあげます。
バックアップ
$ docker run --rm -u root --volumes-from jenkins-master -v $(pwd):/backup alpine tar czvf /backup/alp.tar.gz -C /var jenkins_home
リストア
$ docker run --rm -u root --volumes-from jenkins-master -v $(pwd):/backup alpine sh -c "rm -rf /var/jenkins_home/* && cd /var && tar xzvf /backup/alp.tar.gz"
念のためユーザーにrootを指定し、Alpine Linuxで実行しています。バックアップ時、相対ディレクトリ指定のためtarの-Cオプションを使用しています。展開時はゴミファイルが残るのが嫌だったのでリストア対象ディレクトリ内を全て削除してから展開していますが、削除はしないほうが安全かもしれません。
以上です。
データボリュームコンテナについての蛇足
データ永続化のために別途データボリュームコンテナを作成している場合でもローカルストレージなデータボリュームを使用していれば同じこと、docker save や docker export でバックアップというわけにはいかないようです。残念。
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